En mai 1967 est inaugurée la « section française du Gyosei », école privée japonaise, dans un bâtiment neuf, bâti avec une subvention de la France.
En 1973, la section est rachetée par la France, et devient en janvier 1975 le Lycée franco-japonais.
L'établissement est reconnu officiellement par le Ministère de l'Education Nationale à la rentrée 1976.
L'établissement fait partie du réseau des établissements de l'AEFE depuis la création de celle-ci en 1990. C'est un établissement conventionné avec l'AEFE.
Les effectifs ont connu plusieurs variations.
Depuis 1997, ils ont augmenté de près de 50 élèves par an, obligeant à délocaliser une partie des élèves sur 2 autres sites. (Ecole Meisho, Institut Franco-Japonais).
Décidée en 2000, une aile supplémentaire a été inaugurée à la rentrée 2001, accroissant l'espace existant de 4 salles, d'un réfectoire et d'un espace plurivalent. Des travaux importants de mise en conformité ont été réalisés.
A la rentrée 2003, les élèves du Primaire sont regroupés sur le site de Fujimi. Les élèves du Secondaire et leurs professeurs sont accueillis sur le site de l'ancienne école Japonaise de Ryuhoku (Taito-Ku), dont l'établissement est locataire.
En janvier 2006, le lycée a obtenu les statuts japonais de fondation scolaire.
Le Lycée Franco-Japonais de Tokyo adopte le 7 mai 2012 son nouveau nom, il devient alors le lycée français international de Tokyo et déménage sur le nouveau site de Takinogawa.
Grâce au nouveau lycée, les élèves de la maternelle et du primaire quittent définitivement le site de Fujimi à la rentrée des vacances scolaires de pâques pour s’installer sur le nouveau site du LFI Tokyo à Takinogawa. La rentrée des enfants de la maternelle et de l’élémentaire à Takinogawa a lieu la mardi 8 mai 2012.
La première rentrée des classes de tous les élèves du LFI Tokyo réunis à Takinogawa a lieu le lundi 3 septembre 2012.
Le nouveau Lycée Français International de Tokyo est officiellement inauguré le mardi 9 octobre 2012 par Madame la ministre déléguée chargée des Français de l’étranger, Hélène CONWAY-MOURET , la ministre japonaise de l’Éducation, de la Culture, des Sports, des Sciences et de la Technologie, Makiko TANAKA, la Directrice de l'AEFE, Madame Anne-Marie DESCOTES, l'ambassadeur de France au Japon, Monsieur Christian MASSET et le vice-gouverneur de la préfecture de Tokyo, Monsieur Tatsumi ANDO.
Le 27 mai 2017, le LFI Tokyo fête son cinquantenaire avec la sortie d'un ouvrage retraçant l'histoire du lycée de 1967 à nos jours. Ce livre de plus de 300 pages édité à 2000 exemplaires a été diffusé à l'ensemble de la communauté éducative française et japonaise présente sur Tokyo.
En septembre 2017, l'établissement ouvre le BFI américain après l'ouverture du BFI japonais en 2002. (BFI : Baccalauréat Français international).
A la rentrée 2022, le lycée français international de Tokyo se dote d'un nouveau site appelé l'Annexe. Cette nouvelle structure était auparavant connue comme l'école primaire numéro 6 de Takinogawa. Elle accueille environ 300 élèves des niveaux de CE2, CM1 et CM2.
Le LFI Tokyo en quelques chiffres :
- Plus de 60 nationalités différentes représentées,
- Des infrastructures sportives et culturelles, modernes réparties sur un site de plus de 2 hectares,
- 1555 élèves inscrits de la maternelle à la terminale,
- 125 professeurs et 200 personnels au total,
- Un taux de réussite au bac de 100% dont 88,2% de mentions en 2004,
- Une cinquantaine d'activités périscolaires,
- Plus de la moitié de nos effectifs du primaire transportés par notre offre de bus scolaires.
logo du LFI Tokyo spécialement créé pour les 50 ans de l'établissement lors des festivités de 2017